奇美博物館停車場目前平日採計次收費，假日計時收費。經長期評估觀眾來館習慣，自7月1日起，「平日及例假日」統一改採「計次」收費，觀眾可不用在意停放時間的長短，安心參觀。僅「連續假期4日(含)以上或特定公告日」，採「計時」方式。
107年7月1日起收費標準變更如下：
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平日及例假日計「次」收費：
小型車60元/次，大型車200元/次。
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4日(含)以上之連續假日或特定公告日計「時」收費：
小型車
第1小時30元，未滿1小時以1小時計費；
第2小時起每30分鐘15元計費，未滿30分鐘以30分鐘計算。
第1小時30元，未滿1小時以1小時計費；
第2小時起每30分鐘15元計費，未滿30分鐘以30分鐘計算。
大型車
第1小時80元，未滿1小時以1小時計費；
第2小時起每30分鐘40元計費，未滿30分鐘以30分鐘計算。
第1小時80元，未滿1小時以1小時計費；
第2小時起每30分鐘40元計費，未滿30分鐘以30分鐘計算。